Jahre nach der Schlacht gegen Orochi, den Schlangenkönig, kämpfen die Helden der Drei Königreiche und der Streitenden Staaten darum, die Kontrolle über das neue Universum zu übernehmen, in das sie geworfen wurden, als eine neue Bedrohung auftaucht. Ein schreckliches und kolossales Ungeheuer, das einer Schlange mit acht Köpfen ähnelt, wirft seinen Schatten über das Land und besiegt die meisten tapferen Krieger.

Diejenigen, die überlebt haben, reisen mit Hilfe des mysteriösen Kaguya durch die Vergangenheit, um gefallene Krieger zu retten und neue Allianzen zu schmieden, mächtige Waffen zu sammeln und eine Armee aufzubauen, damit sie eine Chance haben, die schreckliche Hydra zu besiegen.
Aber das ist noch nicht alles, was sie dieses Mal bekommen werden, denn der von Orochi erzeugte Wirbel zieht noch einige weitere Verbündete in ihr Universum. Dragon Ninja, Ryu, Hayabusa, Achilles, Jeanne d'Arc, Nemea und Ayane sind nur einige der Neuzugänge in der über 120 spielbaren Charakterliste!