Die Geschichte beginnt am 6. Februar 2036, als ein Unfall mit verrückten Computern viele Großstädte auf der ganzen Welt zerstört. Die massive Katastrophe wird als "2036 Problem" bezeichnet, aber es gibt eine Vorhersage, dass es im Jahr 2038 zu einem ähnlichen Vorfall kommen wird. Also nutzt eine Gruppe von Wissenschaftlern den Gaia-Supercomputer, um einen "Erdsimulator" zu erstellen, um dies zu verhindern, scheitert jedoch, weil das menschliche Geburtspotenzial dramatisch gesunken ist.
Anschließend führen die Wissenschaftler die Formel "Arecibo Message" in den Erdsimulator ein und bringen die Menschheit erfolgreich in eine andere Welt. Sie sind zunächst aufgeregt, bis sie feststellen, dass die Menschen im Erdsimulator selbst einen weiteren Erdsimulator erschaffen haben. Die Wissenschaftler beginnen zu vermuten, dass sie eigentlich nur das Produkt eines Erdsimulators von Lebewesen sind, die sich über ihnen befinden.
Die Geschichte dreht sich um Takaoka Pollon, einen Hacker, der die Fähigkeit hat, wie in einem Videospiel zu "speichern und zu laden". Mit seinem Hacking-Trigger-System kann er in die Weltlinie um ihn herum eingreifen.